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정부가 추진 중인 부동산 세제개편안을 둘러싸고 납세자들의 반발이 거세지자 정책 당국이 세법 개정안 수정 작업에 착수했다. 입법예고 기간 동안 8,100건이 넘는 민원이 쏟아지면서 비거주 1주택자와 부부 공동명의자의 세 부담을 일부 완화하는 방안이 유력하게 검토되고 있다. 2026년 8월 기준 세제개편안 수정 검토 배경과 향후 세 부담 변화 가능성을 정리한다.
국민참여입법센터 민원 8100건 폭주가 가져온 세제개편안 재검토
국민참여입법센터에 접수된 종합부동산세법 및 소득세법 개정안 관련 의견이 8,100건을 넘어서며 대규모 세제 개편 재조정이 추진되고 있다. 종부세법 개정안에 5,555건, 소득세법 개정안에 2,570건의 의견이 제출되었으며, 주로 본인 소유 주택에 실거주하지 못하는 1주택자들의 세 부담 폭증에 대한 항의가 집중되었다.

정부는 오는 8월 20일 입법예고가 종료된 후 차관회의와 국무회의를 거쳐 9월 3일 이전 정기국회에 세법 개정안을 제출할 예정이다. 재정경제부 부총리가 직접 국무회의에서 입법예고 기간의 의견을 반영해 정부안을 수정할 수 있음을 밝히면서 주요 불합리 조항의 수정이 가시화되고 있다.
실거주와 비거주 1주택자 사이의 보유세 991만 원 격차 실태
개정안에 따른 비거주 1주택자의 세 부담은 실거주자와 비교해 연간 1,000만 원 가까이 차이가 발생하는 구조다. 대출 규제나 부모 봉양, 근무지 이전 등 어쩔 수 없는 사유로 자기 집에 들어가지 못하는 1주택자에게 거주 공제를 배제하면서 세 부담이 가중되었다.

| 구분 | 실거주 1주택자 (10년 보유) | 비거주 1주택자 (10년 보유) | 세금 차액 |
|---|---|---|---|
| 시가 50억 원 (공시가 35억 원) 기준 | 1,879만 4,000원 | 2,871만 2,000원 | 991만 8,000원 증가 |
| 주요 불이익 요인 | 보유 및 거주 공제 최대 적용 | 거주 기간 공제 배제 및 종부세 중과 | 공제율 급감에 따른 세액 폭증 |
이처럼 동일한 1주택자임에도 실거주 여부에 따라 연간 약 991만 8,000원의 세금 차이가 발생함에 따라 납세자들의 부당함 호소가 이어졌다.
비거주 1주택자 예외 인정 기준 및 거주 기간 확대 논의
정부는 근무지 변경이나 자녀 교육, 질병 치료 등 불가피한 사유로 비거주 중인 1주택자에 대해 실거주로 인정해 주는 요건을 완화하는 방안을 검토 중이다. 현재는 해외 체류, 부모 봉양, 직장 전근 등의 경우에 한해 제한적으로 예외를 인정하고 있다.

그러나 예외 인정 범위가 협소하고 실거주 인정 기간도 최장 3년으로 묶여 있어 현실을 반영하지 못한다는 지적을 받아왔다. 이에 따라 당국은 불가피한 사유의 인정 범위를 넓히고 최장 3년인 거주 인정 기한을 더 연장하는 방향으로 세부 조문을 수정할 가능성이 높다.
부부 공동명의 종부세와 양도세 장기보유특별공제 개편 쟁점
비거주 문제 외에도 부부 공동명의 1주택자의 종부세 공제 불이익과 양도소득세 장기보유특별공제 개편안 역시 수정 대상으로 거론된다. 단독명의와 공동명의 선택에 따라 과세 표준과 공제 방식이 달라지면서 일부 공동명의 납세자의 종부세 부담이 급증하는 부작용이 발견되었다.
또한 장기 보유자의 양도세 공제율을 조정하는 과정에서 장기 실거주자의 세 부담까지 늘어날 수 있다는 지적이 제기되어, 국회 세법 심사 이전 정부 최종안 산출 과정에서 공제율과 적용 기준이 재조정될지 관심이 모이고 있다.
핵심 요약
- 정부 세제개편안 입법예고 기간 중 종부세 및 소득세 관련 민원이 8,100건 이상 접수되었다.
- 시가 50억 원 아파트 기준 비거주 1주택자는 실거주자보다 보유세를 연간 약 991만 원 더 부담해야 하는 불평등이 발생했다.
- 정부는 근무지 변경, 부모 봉양 등 불가피한 비거주 사유의 예외 인정 범위와 인정 기간(현행 최장 3년) 연장을 검토하고 있다.
- 부부 공동명의 1주택자의 종부세 불이익과 양도세 장기보유특별공제 개편안도 수정 검토 대상에 올랐다.
- 8월 20일 입법예고 종료 후 국무회의 및 국회 심의 과정을 거쳐 최종 수정안이 확정될 예정이다.
자주하는질문(FAQ)
Q1. 비거주 1주택자 세 부담이 늘어나는 이유는 무엇인가요?
A1. 1주택자 세제 혜택 조건에서 실거주 요건이 강화되면서, 거주 기간을 채우지 못한 1주택자는 장기보유특별공제 및 종부세 공제율이 축소되어 세금이 증가합니다.
Q2. 현재 인정되는 불가피한 비거주 예외 사유는 무엇인가요?
A2. 직장 변경 및 전근, 자녀 취학, 질병 치료, 부모 봉양, 해외 체류 등이 포함되며 현재 최장 3년까지만 실거주로 인정됩니다.
Q3. 세제개편안 수정안은 언제 확정되나요?
A3. 8월 20일 입법예고 종료 후 정부 차관회의와 국무회의를 거쳐 9월 3일 전 국회 제출 시점에 정부 수정안이 1차 확정됩니다.
Q4. 부부 공동명의 1주택자는 어떤 점이 불리해졌나요?
A4. 보유 및 거주 공제 적용 방식에 따라 단독명의 대비 과세 표준 계산에서 공제 혜택이 줄어들어 종부세 부담이 상대적으로 커지는 구간이 존재합니다.
Q5. 국회 제출 이후에도 세법 개정안이 바뀔 수 있나요?
A5. 정부안이 국회에 제출된 후 정기국회 세법 심사 과정에서 여야 합의를 통해 추가로 보완되거나 수정될 수 있습니다.